In een verre toekomst is Tetsuro een mensenjongen die wil dat zijn lichaam wordt vervangen door een robotachtig lichaam. Dat is mogelijk, maar daarvoor moet hij de Onsterfelijke Planeet bereiken aan boord van de ruimtetrein Galaxy Express 999. Maetel, een mooie en mysterieuze blonde vrouw gekleed in Russische stijl, vergezelt hem op de lange reis door de ruimte. In elke aflevering arriveren onze helden in het ruimtestation van een nieuwe planeet.